Естественно-научный профиль –ориентирует на такие сферы деятельности, как медицина, биотехнологии и др. В данном профиле для изучения на углубленном уровне выбираются учебные предметы «Химия», «Биология», элективные курсы «Практикум решения задач по общей биологии», «Практикум решения задач по химии», «Биофизика» и др., которые направлены на углублённое изучение профильных предметов.
Учащиеся 10 и 11 классов школы дополнительно обучаются в профильных генетических классах по дополнительной общеразвивающей программе «Геномное редактирование».
Образовательная организация осуществляет профильное обучение в сотрудничестве с высшими учебными заведениями города: Сургутский государственный педагогический университет, Сургутский государственный университет.